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论文名称为《SFR-1变构开关的磷酸化密码与信号整合逻辑》
这篇紧随其后的工作,由罗伯特·莱夫科维茨教授作为共同通讯作者。
它深入解剖了SFR-1作为分子决策器的核心,也就是那个被初步揭示的“变构开关”
。
在“方舟”
超算的助力下,团队通过海量的分子动力学模拟与深度学习分析,不仅精准定位了控制SFR-1构象变化的关键磷酸化位点集群,更揭示了其独特的“信号整合逻辑”
。
论文首次提出“磷酸化密码”
的概念:SFR-1并非简单地响应单一信号,而是通过其表面多个特定磷酸化位点的不同组合与时序,来解读上游激酶网络传递的复杂指令。
例如,只有当位点A和位点b被依次磷酸化,而位点c保持去磷酸化状态时,SFR-1才会稳定在与特定GpcR构象高亲和力结合的状态,从而启动对应的囊泡运输程序。
“这就像一套复杂的生物分子密码锁。”
罗伯特在论文中形象地比喻:“细胞通过操控这套密码,实现了对下游运输事件无比精细的特异性和可塑性调控。”
这项工作将“枢纽”
的概念从简单的“连接器”
提升到了“智能信息处理器”
的高度,引起了信号转导领域的巨大反响。
紧接着,埃琳娜·沃森负责的研究工作也产出了卓越的成果。
也就是第三篇论文的名字:“孤儿domain”
的精准识别机制与膜脂微环境的协同作用。”
这篇由埃琳娜·沃森主导结构生物学部分的工作,则聚焦于那个神秘的“孤儿domain”
。
利用“方舟”
升级版的量子力学、分子力学计算模块,结合更高分辨率的冷冻电镜结构,团队彻底揭开了其“精准识别”
的面纱。
他们发现,“孤儿domain”
并非孤军奋战。
其与目标SNARE蛋白的特异性结合,强烈依赖于所处的膜脂微环境。
特定的磷脂分子(如pIp2)会与“孤儿domain”
形成短暂的“脂质-蛋白复合物”
,这种复合物的形成,如同给“钥匙”
进行了最后的校准,极大地增强了其与“锁”
(特定SNARE复合物)的匹配精度和稳定性。
“这不仅是一把钥匙配一把锁。”
埃琳娜在结论中写道:“而是钥匙在正确的锁孔环境里,才能完美转动。”
这一发现揭示了局部膜环境在细胞区室化调控中的主动作用,超越了将膜仅仅视为被动屏障的传统观点。
当然,除了陆时羡以外,这次获益最大的无疑是赵栋梁。
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